| from argparse import ArgumentParser |
| import math |
|
|
| def parse_guidance_args(): |
| parser = ArgumentParser() |
| |
| parser.add_argument("--num_div", type=int, default=64) |
| parser.add_argument("--lambda_", type=float, default=1.0) |
| parser.add_argument("--beta", type=float, default=1.0) |
| parser.add_argument("--alpha_r", type=float, default=0.5) |
| parser.add_argument("--eta", type=float, default=1.0) |
| parser.add_argument("--Phi_init", type=float, default=math.radians(45.0)) |
| parser.add_argument("--Phi_min", type=float, default=math.radians(15.0)) |
| parser.add_argument("--Phi_max", type=float, default=math.radians(75.0)) |
| parser.add_argument("--tau", type=float, default=0.3) |
| parser.add_argument("--T", type=int, default=100) |
| parser.add_argument("--length", type=int, default=12) |
| parser.add_argument("--is_peptide", type=bool, default=True) |
| parser.add_argument("--n_samples", type=int, default=5) |
| parser.add_argument("--n_batches", type=int, default=2) |
| parser.add_argument("--target_protein", type=str, default="AAAAA") |
| parser.add_argument("--target_enhancer_class", type=int, default=0) |
| parser.add_argument("--target_DNA_shape", type=str, default='HelT') |
| parser.add_argument("--motifs", type=str, required=False) |
| parser.add_argument("--weights", type=float, nargs='+', required=False) |
| parser.add_argument("--output_file", type=str, default='moo_outputs.txt') |
| parser.add_argument("--motif_penalty", action='store_true') |
| parser.add_argument("--objectives", nargs="+", type=str, required=False, default=None, |
| choices=["Hemolysis","Non-Fouling","Solubility","Half-Life","Affinity","Motif","Specificity"], |
| ) |
| |
| args = parser.parse_args() |
| return args |
